Actúa como un frente técnico-científico recogiendo el pensamiento y las experiencias de lucha del proceso de organización de los distintos pueblos indígenas.
Es el ICCI el gestor de la Universidad Intercultural de las Nacionalidades y Pueblos Indígenas, Amawtay Wasi. Esta tarea se inscribe en la estrategia del movimiento indígena y en los lineamientos de la educación intercultural bilingüe, en función de construir una propuesta alternativa de la educación superior con énfasis en las nacionalidades y pueblos indígenas. Este proyecto se fundamenta en la propuesta del movimiento indígena en cuanto a contenidos y metodologías.

La UIAW , "Casa de la Sabiduría ", es el resultado de un largo proceso de trabajo, debate y sistematización en la que participaron un equipo interdisciplinario conformado por directivos, docentes, comuneros, investigadores y profesionales indígenas y no indígenas. Este proceso se inició a mediados de la década de los noventa, culminando la primera fase en la creación de la Universidad mediante Ley 2004 - 40, publicada en Registro Oficial No. 393, del 5 de agosto del 2004